Bp Joseph Werth urodził się 4 października 1952 r. w kazachskiej Karagandzie. Jest drugim z jedenaściorga dzieci w rodzinie nadwołżańskich Niemców, zesłanej w latach 30. przez Stalina do Kazachstanu. W 1975 r. wstąpił w podziemiu do Zakonu Jezuitów. Cztery lata później rozpoczął oficjalnie naukę w seminarium duchownym w Kownie na Litwie. Po otrzymaniu święceń kapłańskich w 1984 r. pracował na Litwie, potem jako proboszcz w Kazachstanie i Rosji w regionie nadwołżańskim. 13 kwietnia 1991 został mianowany administratorem apostolskim Syberii oraz biskupem tytularnym Bulna. Sakry biskupiej udzielił mu kard. Francesco Colasuonno.
W 1999 po podziale administracji kocielnej w Rosji został administratorem apostolskim Syberii Zachodniej ze stolicą w Nowosybirsku. Decyzją Jana Pawła II 11 lutego 2002 utworzono Diecezję Przemienienia Pańskiego w Nowosybirsku, której został pierwszym ordynariuszem. Ponadto biskup Joseph Werth jest ordynariuszem Kościoła katolickiego obrządku bizantyjsko-rosyjskiego, który obecnie nie posiada własnej hierarchii. W latach 2005—2011 był przewodniczącym Konferencji Katolickiego Episkopatu Rosji.