Новосибирская предсеминария была основана 15 октября 1993 года для подготовки кандидатов к священству, которые в дальнейшем направлялись на обучение в Высшую духовную семинарию «Мария — Царица Апостолов». Курс подготовки занимает два года, за это время воспитанники знакомятся с основами духовной жизни, изучают Катехизис Католической Церкви, историю Церкви, латинский язык, современные иностранные языки и ряд гуманитарных дисциплин.
Сначала предсеминария располагалась в частном доме, но в 1997 году она была перенесена в здание рядом с кафедральным собором.
За время работы предсеминарии в ней прошли подготовку более полутора сотен человек; 12 из них впоследствии стали священниками и 1 — постоянным диаконом. В настоящее время из-за отсутствия кандидатов деятельность предсеминарии временно приостановлена.